Bizonyos idő elteltével a kedvenc pipánk szép lassan be fog szennyeződni, ezért nem árt rendszeresen és elegendő időt fordítani a tisztítására. A vízipipa tisztítása, általában a hetedik vagy nyolcadik használat után ajánlott, addig elég csupán átöblíteni a csap alatt. A dohánytartóban szép lassan összegyűl a dohány vagy ásványmelasz, ami számos kellemetlenséget okozhat pipázás közben.
Mivel folyékony, ezért belekerülhet a víztartályba, innen a szívócsőbe, de szivároghat a tömítések mellett is. A vízipipa tisztítása éppen ezért olyan fontos, mivel a melasz egy idő után bomlásnak indul és keserű ízt eredményez. Egy különösen akkor zavaró, amikor egy kesernyés íz után váltatnánk valami édesre.
Ebben az esetben a hibát nem a pipadohányban vagy az ásványi kövek aromájában kell keresni, csupán esedékessé vált a vízipipa tisztítása. Nem vesz sok időt igénybe, viszont nem mindegy milyen szereket használunk. A mérgező tisztítószereket amennyiben lehet, inkább mellőzük, mert amúgy sem keletkeznek olyan szennyeződések, amelyek indokolttá tennék ezek alkalmazását. Helyettük használjunk inkább fogkrémet, citromlevet, Xidolt, ami a réz vízipipák esetében előnyös.
Egy pipát azért is érdemes tisztán tartani, mert dísztárgyként is megállja a helyét, a minőségi kivitelezésnek köszönhetően. A vízipipa tisztítása során a rozsdamaró, a klór, illetve a súrolószerek használatát mindenképpen kerüljük, mert ezzel kárt tehetünk magában a termékben és egészségkárosító hatása is lehet a mérgező vegyi anyagok miatt. A vizipipawebaruhaz.hu weboldalán található, kifejezetten a vízipipa tisztítására szolgáló készítmény.